После поражения Шреддера команда черепашек-ниндзя распадается из-за того, что непризнанный лидер команды Леонардо скоропостижно покидает команду и отправляется в джунгли. Черепашки, тем временем, больше не борются с мутантами и монстрами, а просто занимаются своими делами. Все смирились с таким положением вещей, кроме Рафаэля, который днем спит, а ночью борется с преступностью под именем Ночного Всевидящего. Но главные герои мультмультфильма "Черепашки-ниндзя" вскоре узнают, что существует древнее зло, которому уже три тысячи лет, и это зло - клиент Эйприл по имени Максимилиан Уинтерс, получивший бессмертие с помощью магических сил. А в это время Леонардо возвращается и узнает о неизбежно надвигающейся угрозе. Но на самом деле Уинтерс хочет собрать тринадцать монстров, чтобы снова стать смертным. Но поймут ли черепашки то, что Макс не является их врагом до того, как последний станет бессмертным еще на три тысячелетия? Впереди черепашек-ниндзя ждет очередное противостояние коварному злодею.
